Ngày 10-9-2019, John R. Bolton đã đệ trình đơn từ chức Cố vấn An ninh quốc gia Hoa Kỳ lên tổng thống Donald Trump. Ngoài các phần thủ tục, lá đơn chỉ có hai dòng chữ:

"Tôi xin từ chức, có hiệu lực ngay lập tức, với tư cách là Trợ lý của Tổng thống về các vấn đề an ninh quốc gia. Cảm ơn vì đã cho tôi cơ hội để phục vụ đất nước của chúng ta".

Về sự việc này, trên trang Twitter của mình, Tổng thống Hoa Kỳ Donald Trump viết:

"Tôi đã thông báo cho John Bolton tối qua rằng sự phục vụ của ông ấy không còn cần thiết ở Nhà Trắng nữa. Cũng giống như nhiều quan chức khác trong chính quyền, tôi bất đồng sâu sắc với nhiều đề xuất của ông ấy, nên tôi đã yêu cầu John từ chức"[50]